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화학/Inorganic chemistry

Olex software를 활용한 X-ray 구조 분석, 팁

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1. A, B alerts는 https://checkcif.iucr.org/에서 comment를 달 수 있다. 에러가 무슨소리인지 알고 싶으면 에러코드인 PLAT###을 구글에 찾아보면 된다. 

2. Comment를 넣는 곳은 .cif파일의 맨 마지막에 있다. pdf 파일로 받은 response form을 복사해서 붙여놓고 comment 란에 왜 이 alert는 심각하지 않은지 설명해주면 된다.

3. Chiral center를 가지고 있는 분자의 경우 absolute configuration을 넣으라고 하는 경우가 있는데 (PLAT 035), 이는 .cif 파일에서 수정할 수 있다. .cif 파일을 열면

_chemical_absolute_configuration   ? 라는 곳이 있고, ?에 SYN으로 넣으면 된다.

4. Solvent 구조를 풀기가 어려울 때는 solvent mask (squeeze)를 하면 되는데, 되도록이면 마지막 옵션으로 두고 쓰는 게 좋다. THF나 DCM 같은 경우는 Q peak의 분포 모양이나 (THF면 오각형, MeCN이면 직선) bond length가 짐작이 되니까 이걸 토대로 짜맞추면 되겠다. 

solvent mask를 쓰면 저렇게 마스크를 분자식 옆에 보여준다

5. PF6의 P-F는 1.6A / MeCN에서 C-C는 1.4, C-N은 1.1 A, 등등 외워두면 좋음. Q-peak 간격을 보고 추론할 수 있기 때문.

https://cccbdb.nist.gov/exp2x.asp?casno=75092&charge=0 여기를 추천

 

6. Space group을 잘못 지정하면 원하는 구조는 볼 수 있을지 몰라도 크리스탈 자체의 대칭성 등을 다르게 해석하기 때문에 다른 파라미터가 오류를 보이게 된다. 대표적인게 Flack parameter고 이게 요상하게 크거나 하면 처음에 xprep을 할 때 잘못 푼 것은 아닌지 생각해봐야한다. 

이후 지속적으로 업데이트 예정

 

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