X-ray Crystal Non-merohedral twinning 해결하기

Twinning은 A라는 분자가 크리스탈이 되면서 자라나는 경우 일반적으로 일정한 배열을 이루지만, 모종의 이유로 이 일정한 배열이 두 가지 이상의 형태로 자라나는 경우를 말한다. 즉 결정 덩어리 자체는 전부 A지만 어느 부분에서 자라난 방향이 다른 탓에 분석에 혼란을 주는 케이스이다. 일정한 방향으로 배열된 분자 구조가 xray를 받아서 일정한 reflection을 보여야하는데 이게 어려워지는 것이다. 하지만 이걸 이제 detwin 하는 방법이 있는데, 기기로 분석할 때 이미 어떤 twin이 형성되어 있는지가 대충 계산이 되는 것으로 알고 있다. 예를 들어서 1000개의 reflection 중 780개와 220개로 나뉘어서 각각의 방향으로 '일정하게' 배열 된 상태라는 것을 확인할 수 있다는 것이다.

그러면 이 각각의 reflection을 분리해서 한 쪽 (single domain)만 모을 수 있다면 twinning이 해결 되는 것이겠다.

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1. Twinning이 있으면 파일을 받을 때 Twin4.hkl, Twin5.hkl 파일을 받게됨
2. cmd 실행 후 Xprep Twin4 Filename으로 twin을 넣어줘서 해석해줘야함

3. Xprep으로 풀면 .ins 파일이 생성됨. Olex로 풀 준비가 된 것.
4. 이걸 Olex로 열고 Reflection을 twin4로 맞추고 먼저 풀어줌

5. 그리고 Add H / elipsoid 넣어주고 R1 값 낮춰줘서 어느정도 풀어주면되는데

6. 이제 Twin5.hkl로 바꿔주고 Edit (연필 아이콘) 들어가서 BASF 0.3을 한 줄 넣어주고, HKLF 4라고 되어있는 부분을 5로 바꿔줌

두 번째 연필

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7. 마지막으로 refine 계속 해주고 초록색 뜰때까지 refine refine

 

8. MERG code 어쩌고 하는 건 twinning이 되어있는 상태라 어쩔수가 없음 저건 무시하고 나머지만 해결해주면 됨
9. 그리고 나머지 disorder, bond length, 등등 작업들 다른 크리스탈 풀 때 처럼 해주면 됨!